มูลนิธิคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์ ได้รับอนุญาตให้จดทะเบียนจัดตั้งเพื่อให้มีฐานะเป็นนิติบุคคล เมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายน 2525 จากกระทรวงมหาดไทย โดยกรุงเทพมหานคร ทั้งนี้สืบเนื่องมาจากคณบดี คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และผู้อำนวยการโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย ในขณะนั้น คือ รองศาสตราจารย์ นายแพทย์ยาใจ ณ สงขลา ร่วมกับคณาจารย์ คณะแพทยศาสตร์ ศิษย์เก่าแพทย์จุฬาฯ และผู้มีจิตศรัทธาหลายท่าน ได้เล็งเห็นว่าการปฏิบัติงานร่วมกันอย่างใกล้ชิดระหว่างคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ ตั้งแต่ พ.ศ. 2490 เป็นต้นมา สามารถนำความเจริญก้าวหน้าทั้งด้านการผลิตแพทย์ ตลอดจนการบริการด้านสาธารณสุขมาเป็นลำดับ