มูลนิธิคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์ ได้รับอนุญาตให้จดทะเบียนจัดตั้งเพื่อให้มีฐานะเป็นนิติบุคคล เมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายน 2525  จากกระทรวงมหาดไทย โดยกรุงเทพมหานคร ทั้งนี้สืบเนื่องมาจากคณบดี คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และผู้อำนวยการโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย ในขณะนั้น คือ รองศาสตราจารย์ นายแพทย์ยาใจ ณ สงขลา ร่วมกับคณาจารย์ คณะแพทยศาสตร์ ศิษย์เก่าแพทย์จุฬาฯ และผู้มีจิตศรัทธาหลายท่าน ได้เล็งเห็นว่าการปฏิบัติงานร่วมกันอย่างใกล้ชิดระหว่างคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ ตั้งแต่ พ.ศ. 2490  เป็นต้นมา สามารถนำความเจริญก้าวหน้าทั้งด้านการผลิตแพทย์ ตลอดจนการบริการด้านสาธารณสุขมาเป็นลำดับ  แต่อย่างไรก็ตาม คณะแพทยศาสตร์ซึ่งเป็นองค์กรของรัฐยังมีความจำกัดทางด้านการบริหารงานโดยเฉพาะด้านงบประมาณ ซึ่งต้องเป็นไปตามระบบราชการทำให้บางโอกาสในการพัฒนาโครงการต่าง ๆ    ไม่สามารถเป็นไปได้ตามวัตถุประสงค์ที่กำหนด   จึงได้ริเริ่ม และมีแนวคิดในการจัดตั้งมูลนิธิคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์ ขึ้นเพื่อให้เป็นองค์กรสาธารณกุศลรองรับ และสนับสนุนการบริหารงานของคณะแพทยศาสตร์ ให้มีประสิทธิภาพดีขึ้น มีความคล่องตัวยิ่งขึ้น  ส่งผลประโยชน์มายังส่วนรวม ทั้งด้านการศึกษาวิจัย  การให้บริการด้านสาธารณสุขแก่ประชาชน  จึงได้มอบหมายให้ ศาสตราจารย์ นายแพทย์ประญัติ  ลักษณะพุกก์  เป็นผู้ขออนุญาตเริ่มการก่อตั้งมูลนิธิคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์   โดยมีเงินทุนเริ่มแรกในการจดทะเบียน จำนวน 150,000.- บาท (หนึ่งแสนห้าหมื่นบาทถ้วน)

ซึ่งมี  พลตำรวจเอกพิชัย กุลละวณิชย์ เป็นประธานกรรมการมูลนิธิฯ คนแรก พร้อมด้วยกรรมการบริหารมูลนิธิฯ ซึ่งประกอบด้วยคณาจารย์ ศิษย์เก่า และบุคคลภายนอก ผู้ทรงคุณวุฒิรวม  14 ท่าน